Setelah kembali dari wilayah permusuhan Gundalia dan Neathia, Danma Kuusou dan teman-temannya melanjutkan hidup mereka di Bumi. Kini, setahun kemudian, dunia realitas virtual Bakugan Interspace akhirnya pulih dari invasi alien dan sekali lagi menjadi tempat para petarung berkumpul dan menantang diri mereka sendiri.
Namun ternyata, setiap kali Bakugan Danma, Pyrus Dragonoid, melepaskan kekuatannya dalam pertempuran, Interspace mengalami gangguan baru. Tidak dapat memanfaatkan kekuatan luar biasa yang diberikan kepadanya oleh Code Eve—roh Ibu Bakugan—dia berjuang untuk mempertahankan kendali atas Mechtogan yang terkandung di dalam dirinya. Ketika lepas kendali, entitas mekanik misterius mendatangkan malapetaka di medan perang, menyerang teman dan musuh.
Lebih buruk lagi, Bakugan Interspace berisiko disusupi lagi. Dalang yang tidak diketahui mengirimkan Chaos Bakugan yang bermutasi ke dalam sistem untuk mencuci otak para petarung dan mengambil kendali dunia virtual. Untuk mengantisipasi konfrontasi yang tak terhindarkan, Danma harus menemukan cara untuk menjaga kekuatan destruktif Mechtogan dan mengerahkan kembali Battle Brawlers.
